| 2000 | 2000. 02 | 경희대, 원광대 한약학과 제1회 졸업생 배출 |
| 2000. 07. 01 | 국민건강보험 출범 |
| 2000. 10. 05 | 한의신문 1000호 발행 |
| 2000. 10. 05 | 사단법인 대한한약사회 설립인가(회원 59명) |
| 2000. 11. 19 | 제7회 한약조제자격시험 실시 |
| 2000. 12 | 제5차 한ㆍ중 동양의학 협력조정위 회의 개최 (중국, 북경) |
| 2000. 12. 8 | 병역법 개정 국회 통과(제34조 1항, 제58조 1항 개정) |
| 2000. 12. 26 | 병역법 중 개정법률 공포 |
| 2001. 1. 1 | 수가계약제에 따른 국민건강보험 료양급여비용내역 시행 |
| 2001. 1. 8 | 제2회 한약사 시험자격자 발표 (한약학과 34, 약학과 146, 류사학과 142(재응시 포함) |
| 2001. 9. 26 | 한국 한의표준의료행위 분류 제정 공포 |
| 2001. 10. 11~ 14 | 제11회 국제동양의학학술대회 개최(한국, 서울) |
| 2001. 10. 15 | 제6회 한중학술대회 개최 (서울, 교육문화회관) |
| 2001. 11. 1 | 국군서울지구병원 한방진료실 개원 |
| 2001. 11 | 인도네시아 의학협회와 전통의학 협력증진에 관한 각서체결 |
| 2001. 11 | 조선의학협회와 기본합의서 채결 |
| 2002. 1. 18 | 제1회 한의사 전문의 자격시험 1차 시험 실시(응시 260명) |
| 2002. 1. 31 | 제1회 한의사 전문의 자격시험 2차 시험 실시(최종합격 246명) |
| 2002. 2. 18, 25 | 2002년도 한의군의관(30명), 한의공보의(275명) 배치 확정 (병역법 개정에 따라) |
| 2002. 6 | 조선의학협회 고려의학부문과 의향서 채택 |
| 2002. 8. 17~18 | 제7회 한중학술대회 개최 (중국, 상해) |
| 2002. 10. 18 | 2002오송바이오엑스포 국제한의학학술대회 개최 |
| 2002. 11. 14 | KOMSTA 10주년 |
| 2002. 12. 16 | 대한한의사협회 창립50주년 |
| 2002. 12. 26 | 마약류관리에 관한 법률중 개정 공포 |
| 2003. 2. 26 | 대통령 주치의 임명 (최초의 대통령 한방주치의, 신현대 교수) |
| 2003. 4. 20 | 이라크 평화진료단 파견 |
| 2003. 6. 17 | 침구사 관련 법안 국회 폐기 |
| 2003. 8. 6 | 한의약육성법 제정ㆍ공포(법률 제06965호) |
| 2003. 9 | 라오스 보건부와 합의각서 체결 |
| 2003. 9 | 제6차 한ㆍ중 동양의학 협력조정위 회의 개최 (한국, 서울) |
| 2003. 9. 27 | 2003 사이버정책팀 발대식 |
| 2003. 10. 20 | 남북민족의학학술토론회 |
| 2003. 11. 6~9 | 제12회 국제동양의학학술대회 개최(대만 타이페이) |
| 2003. 11. 28~29 | 제8회 한중학술대회 개최 (서울, 경희대) |
| 2003. 12. 16 | 협회 회관신축 공사 기공식 |
| 2004. 6. 9 | WHO 서태평양지역사무처 전통의학자문관(최승훈 교수)취임 |
| 2004. 8. 5~6 | 제9회 한중학술대회 개최 (중국, 청도) |
| 2004. 10 | 한국한의학교육평가원 설립 |
| 2004. 12 | 제7차 한ㆍ중 동양의학 협력조정위 회의 개최 (중국, 북경) |
| 2005. 12 | 제1차 한의약육성발전 5개년 종합계획(‘06~’10) 보고 |
| 2005. 3. 23 | 허준박물관 개관 |
| 2005. 4. 29 | IMS(Intramuscular stimulation)수가공지 (자동차보험진료수가분쟁심의위) |
| 2005. 5 | 미얀마보건부와 전통의학 교류협력을 위한 양해각서 체결 |
| 2005. 5. 11 | 한ㆍ미얀마 전통의학양해각서 체결 |
| 2005. 5. 20 | 신축회관 이전(서울시 강서구 가양동 26-27) |
| 2005. 10 | 제8차 한ㆍ중 동양의학 협력조정위 회의 개최 (한국, 서울) |
| 2005. 10. 20~23 | 제13회 국제동양의학학술대회 개최 (한국, 대구) |
| 2005. 10. 21~22 | 제10회 한중학술대회 개최 (대구, EXCO) |
| 2006. 3. 17 | 대한한의사협회 회관건립사 발간(편찬위원장/박순환) |
| 2006. 5. 30 | WHO 제59차 총회 참석(장소/스위스 제네바) |
| 2006. 7 | 러시아 블라디보스톡 의과대학 전통의학과와 전통의학 교류협력을 위한 의향각서 체결 |
| 2006. 9. 21~23 | 제11회 한중학술대회 개최 (중국, 항주) |
| 2006. 11. 6 | 한의학정책연구원(초대원장/변철식) 개원 |
| 2006. 12 | 제9차 한ㆍ중 동양의학 협력조정위 회의 개최 (중국, 계림) |
| 2006. 12. 18 | 제2회 남북민족의학학술토론회(장소/평양 양각도호텔) |
| 2007. 1. 10 | 국민건강수호를 위한 전국한의사 궐기대회(장소/과천종합청사 앞) |
| 2007. 3. 21 | 의료법 개악저지 범 의료계 총궐기대회 개최 |
| 2007. 9. 10 | WHO/WPRO 지역총회 개최 (제주특별자치도 국제컨벤션센터) |
| 2007. 10. 5 | WHO-IST(전통의학 국제표준용어) 출판기념회 개최 |
| 2007. 10. 10 | 한방의 날 기념식 및 한의학홍보대사 위촉식 |
| 2007. 10. 14 | 제12회 한중학술대회 개최 (제주, 라마다호텔) |
| 2007. 12 | 제10차 한ㆍ중 동양의학 협력조정위 회의 개최 (한국 서울, 목포) |
| 2007. 12. 1~4 | 제14회 국제동양의학학술대회 개최(대만, 타이페이) |
| 2007. 12. 8 | 동의보감발간400주년기념 동의보감세계화 선포식 |
| 2008. 2. 22 | 한의학전문대학원 및 부속한방병원 기공식(부산대학교 양산캠퍼스) |
| 2008. 4. 9 | 한의사 국회의원 당선(윤석용 천호한의원장/한나라당 서울강동을) |
| 2008. 6. 19 | WHO 침구경혈부위 국제표준출판기념회(장소/서울 팔레스호텔) |
| 2008. 7. 1 | 노인장기료양보험제도 시행 |
| 2008. 11. 23 | 제1차 네이버상담한의사 위촉식 |
| 2008. 11. 27 | 한방물리료법 보험급여화 확정(건강보험정책심의위) |
| 2009. 1. 1 | 산재보험 한방첩약 및 탕전료 급여적용(근로복지공단) |
| 2009. 1. 17 | 한의사회 설립기원(창립일)에 관한 세미나개최(장소/협회강의실) |
| 2009. 2. 3 | 한약재 이력추적관리제도 시범사업 실시(녹용, 사향) |
| 2009. 5 | 의료법 개정을 통해 외국인환자유치 허용 |
| 2009. 5. 8 | 세계전통의학대학협의회 창립 (Global University Network of Traditional Medicine:GUNTM) 초대회장 : 최승훈 참가대학 : 경희대 한의대, 중국 북경중의약대학, 광주중의약대학, 일본 메이지국제의료대학, 대만 중국의약대학, 홍콩침회대학, 호주 RMIT대학 |
| 2009. 6. 1 | 건강보험 수가 항목 개선-레이저 침술 청구(2009. 6. 1일부터 시행) 건강보험 수가항목 하-10 레이저침술 ‘주’에 의거, 레이저침술과 다른 침술을 동시에 실시한 경우에도 레이저침술 소정점수만 산정토록 제한된 사항 삭제 |
| 2009. 6. 4 | 한약이력추적관리에 관한 법률안 발의(윤석용 한나라당 국회의원) |
| 2009. 7 | 제11차 한ㆍ중 동양의학 협력조정위 회의 개최 (중국, 곤명) |
| 2009. 7. 30 | 동의보감 유네스코 세계기록유산 등재 |
| 2009. 9 17~19 | 제13회 한중학술대회 개최 (중국, 장사) |
| 2009. 12. 21 | 한의약육성법 일부개정법률안 발의(윤석용 한나라당 국회의원) |
